De behandeling van water heeft de afgelopen eeuw een grote vlucht genomen. Desinfectie van het drinkwater heeft ervoor gezorgd dat er in ontwikkelde landen bijna geen uitbraken meer zijn van ernstige door waterovergedragen ziektes als cholera en tyfus (figuur 1).

Figuur 1. Afname percentage doden ten gevolge van tyfus in de USA van 1900 tot 1920 ten opzichte van het aantal mensen dat behandeld water gebruikt.

In ontwikkelingslanden, waar veelal geen of onvoldoende schoon drinkwater en riolering aanwezig is, zijn door waterovergedragen ziektes verantwoordelijk voor een groot gedeelte van de ziektegevallen en sterfte, met name bij kwetsbare groepen als jonge kinderen, ouderen en mensen met een zwak immuniteitsgestel, zoals AIDSpatiënten of mensen die een orgaantransplantatie hebben ondergaan. 

Het grootste gedeelte van de ziekteverwekkende micro-organismen wordt verwijderd door middel van waterbehandeling aan de hand van coagulatie, flocculatie, bezinking en filtratie. Om de veiligheid van het water te verhogen wordt daarna desinfectie toegepast. 

Voor desinfectie kunnen verscheidene middelen gebruikt worden, die ziekteverwekkende micro-organismen inactiveren of doden, zoals chloorbevattende middelen, peroxide, broom, zilverkoper, ozon en UV. Deze middelen hebben allemaal hun voor- en nadelen en zijn afhankelijk van de omstandigheden inzetbaar voor desinfectie van water. 

Naast drinkwater zijn er ook andere toepassingen, zoals zwembaden en koeltorens, waar het belangrijk is dat het water gedesinfecteerd wordt.

Bij zwembaden komen allerlei verontreinigingen in het water terecht, die mede afkomstig zijn van de zwemmers. Hierbij zitten vaak ook ziekteverwekkende micro-organismen. Om te voorkomen dat mensen besmet worden met deze ziekteverwekkende micro-organismen, moet het water waarin men zwemt gedesinfecteerd worden. Vaak wordt het water in zwembaden gecirculeerd. Voordat het water terug wordt gevoerd naar het zwembad wordt het gezuiverd. Ook hierbij wordt desinfectie toegepast. 

Koeltorens worden gebruikt om proceswater af te koelen. Het water kan vervolgens hergebruikt worden. Koeltorens bieden ideale omstandigheden voor de groei en vermeerdering van micro-organismen. De vorming van biofilm vormt hierbij een groot probleem, omdat het corrosie bevordert en systemen blokkeert. Legionella is een ander probleem in koeltorens en ventilatiesystemen. Legionellabacteriën kunnen verspreid worden middels aërosolen en kunnen onder andere legionellose veroorzaken, ook wel de veteranenziekte genoemd. De zware vorm lijkt op een ernstige longontsteking. In Nederland is bepaald dat besmetting met legionella voorkomen moet worden door middel van desinfectie van het koeltorenwater. 

In de jaren ‘70 van de vorige eeuw kwam men erachter dat er bij de desinfectie van water met behulp van chemische middelen stoffen, zogenaamde desinfectiebijproducten, ontstaan. Na ontdekking van deze stoffen is er onderzoek gedaan naar het ontstaan en de effecten op de gezondheid. Er zijn normen uitgeschreven voor maximale gehaltes die in drinkwater aangetroffen mogen worden. Daarnaast is er onderzoek gedaan naar methodes om het gehalte desinfectiebijproducten te verlagen.