La biomassa di fitoplancton nella zona eutrofica è spesso dipendente dalla disponibilità di determinate sostanze nutrienti che, oltre alla luce, sono essenziali per lo sviluppo microbico. Se la disponibilità di queste sostanze nutrienti aumenta può essere previsto un aumento di biomassa approssimativamente proporzionale all'aumento dell'apporto nutritivo.

Un elenco degli elementi chimici essenziali per le piante è indicato nella seguente tabella [5]:

Soddisfando le richieste delle piante delle sostanze nutrienti essenziali, ci si può chiedere quale di questi elementi possono più probabilmente limitare la biomassa di fitoplancton. Il carbonio, l'idrogeno e l'ossigeno sono necessari in più grandi quantità, ma questi elementi si ricavano immediatamente da H₂O (idrogeno) e da CO₂ (carbonio ed ossigeno). Ovviamente in un ambiente acquatico non manca H₂O. L'anidride carbonica è un gas che si trova nell'atmosfera e si dissolve nell'acqua quando raggiunge l'equilibrio. Tuttavia la concentrazione di CO₂ in alcuni laghi di acqua dolce può essere estremamente ridotta. È stato dimostrato da Schindler (1974) che l'atmosfera funge da serbatoio di CO₂ di un sistema acquatico, ed il flusso continuo di CO₂ dall'atmosfera all'acqua può fornire facilmente l'anidride carbonica necessaria per la fotosintesi, anche se la concentrazione di CO₂ in acqua è bassa. Il fitoplancton necessita di azoto e fosforoso in grandi quantita'. Si e' osservato che quando c'è luce sufficiente per sostenere la fotosintesi la loro concentrazione è molto bassa ed in questo caso la biomassa di fitoplancton è meno abbondante. Quindi, sulla base delle concentrazioni osservate, l'azoto e il fosforo sono i macronutrienti che possono più probabilmente limitare la fotosintesi e quindi la biomassa organica. Tuttavia, la prevenzione di eccessivi apporti di queste sostanze nutrienti è difficilmente realizzabile poiché la maggior parte proviene da fonti non-puntuali.

L'eliminazione del fosforo come componente essenziale dei detersivi ha potuto rimuovere circa il 50% del fosforo totale che entra in alcuni laghi. Si potrebbero applicare tre trattamenti alle acque reflue fosforose: il trattamento terziario potrebbe coinvolgere prodotto una rimozione chimica, fisica o biologica.

I fosfati possono essere precipitati usando i coagulanti di calce dei composti di alluminio o di ferro. Il precipitato è quindi separato in un'unità di sedimentazione ed è unito con l'altro fango generato nel trattamento delle acque luride. La rimozione biologica sfrutta la capacità di alcuni microorganismi di assimilare fosforo in quantità superiore alle loro necessità nutrizionali immediate e di immagazzinarlo all'interno delle cellule sotto forma di polifosfati. Il fosforo può anche essere rimosso facendo passare l'acqua negli stagni di trattamento, dove molto di esso è assorbita sopra al particolato che si deposita negli stagni.

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