La qualità dell'acqua è deteriminata sulla base di parametri come la temperatura dell'acqua, la quantità di solidi dissolti e la mancanza di sostanze inquinanti tossiche e biologiche. Mentre il livello di salinità è la preoccupazione più comune, altri solidi dissolti presenti nell'acqua freatica possono causare problemi. L'acqua dura causa la formazione di depositi in riscaldatori idrici e tubazioni e sfavorisce la formazione di schiuma da sapone. Elevati livelli di ferro possono essere presenti nell'acqua freatica. Il ferro nell'acqua può scolorire e macchiare i vesiti; è anche indesiderabile per molti processi lavorazione. I solfati presenti nell'acqua possono lasciare un gusto amaro e possono anche avere un effetto lassativo.

Una ricerca sviluppata da EEA nel 1999 fornisce una descrizione dello stato dell'acqua freatica dell'Europa con la distribuzione di indicatori di qualità selezionati: nitrati, pesticidi, cloruro, alcalinità, valori di pH, conduttività elettrica, con particolare attenzione a nitrati e pesticidi. I paesi dell'EU sono stati invitati a presentare i dati più recenti disponibili a livello nazionale, insieme a quelli per almeno tre aree importanti per l'acqua freatica. I luoghi campione sono quindi stati classificati secondo i loro valori medi annuali usando i valori di soglia e i range riportati nella seguente tabella. Per ogni indicatore EEA e' stato identificato un valore critico basandosi sull'esperienza ed i livelli riportati nella direttiva di acqua potabile (80/778/EC) e nella relazione dell'Organizzazione Mondiale della Sanità (WHO) [5].