Le soufre est présent en petite quantité dans les organismes sous forme notamment d'acide aminés méthionine et cystéine. Le soufre et les liaisons sulfures sont importantes pour le métabolisme fonctionnel de nombreux champignons et être vivants. 

Le diagramme ci-dessous met en exergue les différentes étapes du cycle du soufre.

la fermentation anaérobie du soufre permet de convertir les composés organiques du soufre en H₂S. 

D'autres bactéries aérobics peuvent oxyder H₂S en soufre et en acide sulfurique:

• Simple oxydation-réduction:

- bactérie du soufre sans couleur comme Beggiatoa ou Thiothrix:

2H₂S + O₂ => 2H₂O + 2S

-Protobacteriaceae comme Thiobacillus thiooxidans qui oxydent le soufre en acide sulfurique:

2S + 3O₂ + 2H₂O => 2H₂SO₄ 

• Réaction de photosynthèse dans les Rhodothiobacteriales de la même façon que pour les Chlorothiobactériales (ou bactéries du soufre vertes), le soufre élémentaire est formé en premier:

2H₂S + CO₂ => (CH₂O)* + H₂O + 2S  avec de l'énergie lumineuse

Le soufre produit est stocké selon les espèces dans la cellule ou les secrétions des bactéries. Il sera converti plus tard en acide sulfurique.

Les autres cycles (eau, azote, soufre, phosphore, ...)