En los lagos estratificados eutróficos hay falta de oxigeno. Estas condiciones anaeróbicas provoca la liberación de fosfato de los sedimentos que se acumulan que son nutrientes para la realización de la fotosíntesis y crecimiento de las algas, provocando un aumento de la materia orgánica en los lagos. Este ciclo se puede romper mediante un sistema de aireación: inyección de aire al principio del lago previene la estratificación termal y previene el deterioro de la calidad del agua.

Una alternativa que por lo general es tecnológicamente mas cara es remover el sedimento totalmente, esto es la eliminación de la fuente de fósforo o mediante la profundización del lago.

Otra técnica que se utilizo mucho en el pasado para prevenir el reciclaje de los nutrientes o acelerar la eliminación/ salida de dichos nutrientes es el sellado del fondo del lago con capas de polietileno, o cargar el lago con agua hipolimnetica en embalses y tanques de almacenamiento de agua, o dilución del agua con agua proveniente de fuentes oligotróficas.

A través de experimentos de campo y laboratorio se ha comprado que la aplicación de arcilla reduce la cantidad de células de algas, provocando un hundimiento de las mismas por su peso [7]. Las algas tienen a pegarse en las partículas arcillosas como si se tratara de un imán. Cuando elementos arcillosos se difuminan en el agua que están contaminadas con altas concentraciones de algas, las células de las algas se adjuntan a las partículas arcillosas, provocando un aumento de peso y deposito en el fondo. En los EEUU, no se permite como método de control del crecimiento de algas porque se ha puesto en duda debido al impacto ecológico. Otras investigaciones han sido llevadas a cabo para saber como este deposito residual de algas o lodo afecta a los organismos de los estratos inferiores del lago o el mar.

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