Los desinfectantes no deben de afectar el sistema y deben eliminar microorganismos que afecten el sistema. El agua para los procesos de torres de refrigeración no es agua destinada a consumo humano y por lo tanto no tiene que cumplir los estándares de calidad del agua que se demanda para el agua destinada para beber.

Mediante el vapor generado puede existir una exposición de los trabajadores a contaminantes de las aguas de las torres de refrigeración y por lo tanto hay que tener en cuenta y controlar los posibles focos de Legionella y otros.